1、血球計數板法:

這種方法簡便，直觀，快捷，但只適宜于單細胞狀態(tài)的微生物或絲狀微生物所產生的孢子進行計數，并且所得結果是包括死細胞在內的總菌數。

2、染色計數法：

為了彌補一些微生物在油鏡下不易觀察計數，而直接用血球計數板法又無法區(qū)分死細胞和活細胞的不足，人們發(fā)明了染色計數法。

3、比例計數法：

將已知顆粒（如霉菌孢子或紅細胞）濃度的液體與一待測細胞濃度的菌液按一定比例均勻混合，在顯微鏡視野中數出各自的數目，即可得未知菌液的細胞濃度。

4、液體稀釋法：

對未知菌樣做連續(xù)十倍系列稀釋，根據估計數，從最適宜的三個連續(xù)的10倍稀釋液中各取5毫升試樣，接種1毫升到3組共15只裝培養(yǎng)液的試管中，經培養(yǎng)后記錄每個稀釋度出現生長的試管數，然后查最大或然數表MPN（most probably number）得出菌樣的含菌數，根據樣品稀釋倍數計算出活菌含量。該法常用于食品中微生物的檢測，例如飲用水和牛奶的微生物限量檢查。

5、平板菌落計數法：

這是一種最常用的活菌計數法。但方法比較麻煩，操作者需有熟練的技術。平板菌落計數法不僅可以得出菌液中活菌的含菌數，而且同時將菌液中的細菌進行了一次分離培養(yǎng)，獲得了單克隆。

6、試劑紙法：

在平板計數法的基礎上，發(fā)展了小型商品化產品以供快速計數用。試劑紙法計數快捷準確，相比而言避免了平板計數法的人為操作誤差。

7、膜過濾法：

用特殊的濾膜過濾一定體積的含菌樣品，經丫叮橙染色，在紫外顯微鏡下觀察細胞的熒光，活細胞會發(fā)橙色熒光，而死細胞則發(fā)綠色熒光。