不同的化學(xué)消毒劑其作用原理也不完全相同，大致歸納為三個方面。一種化學(xué)消毒劑對細(xì)菌的影響常以其中一方面為主，兼有其他方面的作用。

　�。�1）改變細(xì)胞膜通透性 表面活性劑（Surface-active agent）、酚類及醇類可導(dǎo)致胞漿膜結(jié)構(gòu)紊亂并干擾其正常功能。使小分子代謝物質(zhì)溢出胞外，影響細(xì)胞傳遞活性和能量代謝。甚至引起細(xì)胞破裂。

　�。�2）蛋白變性或凝固酸、堿和醇類等有機溶劑可改變蛋白構(gòu)型而攏亂多肽鏈的折疊方式，造成蛋白變性。如乙醇、大多數(shù)重金屬鹽、氧化劑、醛類、染料和酸堿等。

　�。�3）改變蛋白與核酸功能基團的因子作用于細(xì)菌胞內(nèi)酶的功能基（如SH基）而改變或抑制其活性。如某些氧化劑和重金屬鹽類能與細(xì)菌的-SH基結(jié)合并使之失去活性。