對(duì)含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因?yàn)榱蚍蕷⑺郎�物菌。�?duì)于翻漿的水田，一般不宜撒施，用噴霧的方法效果更明顯。

施用菌肥的最佳溫度是25~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對(duì)高溫、低溫、干旱條件下的農(nóng)作物田塊不宜施用。另外，有的還要掌握濕度，例如，固氮菌最適宜的土壤相對(duì)含水量是60％～70％。

不應(yīng)將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，因?yàn)檫@些藥、肥很容易殺鮮紅生物菌。應(yīng)先施菌肥、隔48小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合施用。還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混用。

對(duì)于多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時(shí)不能大量減施化肥和有機(jī)肥，因農(nóng)作物對(duì)化肥產(chǎn)生了依賴性，用生物菌肥取代化肥不能一下子適應(yīng)。因此，其取代量應(yīng)做到第一、第二、第三年分別取代30％、40％、60％，磷、鉀肥只能補(bǔ)足，不能減少。

生物菌肥不是速效肥，在作物的營養(yǎng)臨界期和營養(yǎng)大量吸收期前7~10天施用，效果最佳。