在原索動(dòng)物中，發(fā)現(xiàn)海鞘胚胎期存在脊索，從而斷定了它和文昌魚的親緣關(guān)系，確定了它們都是介于脊椎動(dòng)物和無脊椎動(dòng)物之間的原索動(dòng)物。
在脊椎動(dòng)物中，對(duì)于魚類、兩棲類、爬蟲類、鳥類的早期發(fā)育過程，以及哺乳類比較晚期的胚胎，都進(jìn)行了詳盡的敘述，這個(gè)領(lǐng)域就是脊椎動(dòng)物胚胎學(xué)。
這些動(dòng)物的成體形狀各異，早期發(fā)育——例如卵子和卵裂等，分別屬于不同類型，但是發(fā)育的歷程卻基本上相似。從內(nèi)部器官的發(fā)育，可推測(cè)出脊椎動(dòng)物是怎樣從低級(jí)向高級(jí)發(fā)展的。例如排泄器官腎臟在魚類和兩棲類只在胚胎時(shí)期出現(xiàn)前腎，成體是中腎；在鳥類和哺乳類，中腎又成了胚胎器官，在成體中行使功能的是后腎。從前腎到后腎構(gòu)造逐漸復(fù)雜，而且還按順序在個(gè)體發(fā)育中依次出現(xiàn)，這不僅反映了脊椎動(dòng)物的系統(tǒng)發(fā)育，并且為比較解剖學(xué)提供了資料。