1　雙相電泳(2－D PAGE)——蛋白質分離技術

　　雙相電泳由O'Farrell于1975年首先創(chuàng)建。雖然并不是一項新技術，其仍成為目前獲得蛋白質圖譜的最主要手段。基本原理是蛋白質首先于第一相根據(jù)其等電點在pH梯度膠中等電聚焦(isoelectric focusing or IEF)，然后在第二相按照各蛋白質的分子量大小(SDS-PAGE)進行第二次電泳分離。與一維的IEF或SDS-PAGE相比，雙相電泳具有更高的分辨率，其可以分辨3000多種蛋白質。

　　傳統(tǒng)雙相電泳根據(jù)低分子量的氨基酸具有不同的等電點，采用兩性電解質作為載體，在外加電場下產(chǎn)生pH梯度；而新的穩(wěn)定pH膠(immobilized pH gel,IPG)技術則利用丙烯酰胺的酸堿衍生物可以在膠聚合的過程□價結合于聚丙烯酰胺基質的特點，產(chǎn)生穩(wěn)定的pH梯度。

　　樣品在系統(tǒng)中的溶解性與最終的分辨結果密切相關。目前，許多改進雙相電泳的研究都著眼于增加蛋白的溶解度。

2　質譜(Mass spectrometry,MS)——蛋白質鑒定技術

　　質譜已成為將蛋白質與其基因聯(lián)系起來的重要工具，廣泛用于蛋白質組的研究中，其基本原理是使極性或帶電的分子產(chǎn)生氣相離子，根據(jù)不同離子間的質荷比(m/z)來分離并確定分子量。離子化技術的提高使質譜技術得到了進一步發(fā)展。快速原子轟擊(FAB)可以使雙分子物質離子化，電噴霧離子化(ESI)和基質輔助的激光解吸離子化(MALDI)是更新的“軟離子化法”，它們被應用于多肽和蛋白質的離子化。

　　將化學和酶學的方法與質譜相結合，可以獲得由不完整的短肽所組成的序列梯度，以測定核酸序列。如用羥肽酶Y降解產(chǎn)生截去C末端殘基的短肽，然后使用FAB或MALDI／TOF(time-of-fight)離子化；我們還可以通過將已知序列蛋白質的數(shù)據(jù)庫中的質荷比與實驗測得的結果進行比較，從而推出待測序列。

　　與傳統(tǒng)的Edman降解法，Western印跡分析相比，質譜分析更為靈敏、精確、經(jīng)濟，簡便。

3　蛋白質組數(shù)據(jù)庫(proteomic database)——生物信息學

　　生物信息學(bioinformatics)使用計算機技術儲存和分析生物學信息，由此建立的基因組數(shù)據(jù)庫加速了分子生物學的進展。蛋白質組數(shù)據(jù)庫將是生物信息學的新領域。

　　目前，雙相電泳結果可以采用電荷耦合器件——照相系統(tǒng)或掃描成像，再使用計算機輔助的影像分析和數(shù)據(jù)分析，解釋電泳結果。最早的雙相電泳膠數(shù)據(jù)庫建立于1992年，其站點名稱為SWISS-2DPAGE。自此，更多的數(shù)據(jù)庫(主要為21種)，及含有質譜分析軟件的程序庫都可以在互聯(lián)網(wǎng)上獲得。