siRNA表達(dá)框架(siRNA expression cassettes,SECs)是一種由PCR得到的siRNA表達(dá)模版,能夠直接導(dǎo)入細(xì)胞進(jìn)行表達(dá)而無(wú)需事前克隆到載體中。這個(gè)方法最早是由Castanotto和其同事采用,包括一個(gè)RNA polⅢ啟動(dòng)子,一段發(fā)夾結(jié)構(gòu)siRNA,一個(gè)RNA pol III終止位點(diǎn)。與siRNA表達(dá)載體不同的是,SECs不需要載體克隆和測(cè)序等頗為費(fèi)時(shí)的步驟,可以直接由PCR得到,耗時(shí)不到一天。因此,SECs成為篩選siRNA的最有效工具之一,甚至可以用來(lái)篩選在特定的研究體系中啟動(dòng)子和siRNA的最適搭配。如果在PCR兩端添加酶切位點(diǎn),那么通過(guò)SECs篩選出的最有效的siRNA后,可以直接克隆到載體中構(gòu)建siRNA表達(dá)載體。構(gòu)建好的載體可以用于穩(wěn)定表達(dá)siRNA和長(zhǎng)效抑制的研究。
該方法的主要缺點(diǎn)是PCR產(chǎn)物很難轉(zhuǎn)染到細(xì)胞中。如果有適合的新型轉(zhuǎn)染試劑能提高SEC的轉(zhuǎn)染效率該問(wèn)題就可以解決了。另外,沒(méi)有克隆到載體中的PCR片斷并不適于大規(guī)模制備。
最適用于:篩選siRNA序列,在克隆到載體前篩選最佳啟動(dòng)子
不適用于:長(zhǎng)期抑制研究。(如果克隆到載體后就可以了)