定位候選克隆是在定位克隆的基礎上部分融合了功能克隆的策略。先以基因的染色體定位信息和相應的染色體區(qū)段物理圖和遺傳圖為基礎，研究已定位在該區(qū)段中的基因、EST等與某一性狀(如疾病)的相關性，最后確定目的基因而加以克隆。這種策略大體上可分三個步驟：①利用家系分析、細胞遺傳學方法精確地把與某一性狀相關的基因定位在染色體上；②利用現(xiàn)存的信息，分析位于該染色體區(qū)段內的已知基因或EST，將其功能結構域同該性狀(疾病)攜帶者的生理生化異常、基因表達的時空專一性狀進行比較分析，從而確定候選基因；③在該性狀攜帶者中篩選出相關基因的突變，確定導致該性狀的目的基因。反之，若確定某一基因在染色體上的位置后，也可將已定位于這一區(qū)段內的所有遺傳性狀同該基因的結構和表達特征作比較，從而確定該基因的功能。馬方綜合征(Marfan syndrome)基因的克隆是這種方法的一個成功例子。先是通過家系連鎖分析將該病的相關基因定位在人的15號染色體長臂；幾乎同時，原纖蛋白(“brillin)基因也被定位在15號染色體的同一區(qū)域內，隨后便在患者中檢測到原纖蛋白基因編碼區(qū)的突變，從而證明原纖蛋白基因的突變是導致馬方綜合征的一個重要原因，并克隆了這個基因。