人體內神經系統(tǒng)以外的另一個重要的機能調節(jié)系統(tǒng)。人體內分泌系統(tǒng)包括垂體、甲狀腺、甲狀旁腺、胸腺、腎上腺、松果體等內分泌腺，還包括一些分散在其它器官組織中的散在的內分泌細胞團塊，如消化道粘膜中分散存在的內分泌細胞（胰島是屬于內分泌腺還是分散的內分泌組織，看法尚不完全統(tǒng)一）。內分泌系統(tǒng)與神經系統(tǒng)密切配合，共同調節(jié)機體的新陳代謝、生長發(fā)育和對環(huán)境的適應。在這方面下丘腦和腦垂體充當著重要的角色，它們之間雖無神經通路，卻有著特殊的門脈系統(tǒng)，下丘腦分泌神經激素，把大腦等處轉來的神經信息轉化為激素信息，通過門脈系統(tǒng)傳給垂體，控制垂體合成和釋放各種促激素的過程，進而控制整個內分泌系統(tǒng)的功能，因為幾乎所有內分泌腺功能均與垂體相關；反過來，內分泌腺分泌的各種激素的濃度也對垂體功能發(fā)生反饋抑制，并通過對垂體功能的這種影響和制約，進一步作用于下丘腦。于是內分泌系統(tǒng)和神經系統(tǒng)成為在大腦統(tǒng)一指揮下的兩個協(xié)同動作的重要的功能調節(jié)系統(tǒng)，但其作用方式卻各有千秋。神經系統(tǒng)靠神經傳導，其特點是快速、靈敏；內分泌系統(tǒng)靠激素通過體液調節(jié)方式起作用，其特點是作用廣泛、持久。因此，有人曾把神經系統(tǒng)比做人體的有線通訊網絡，而把內分泌系統(tǒng)比做人體的無線通訊系統(tǒng)。