PCR( Polymerase Chain Reaction)-聚合酶鏈式反應,可以選擇性擴增一段DNA序列。其基本步驟是,首先將待擴增的模板DNA變性使之成為單鏈,DNA樣品中,特異性的引物能夠與其互補的序列雜交,在dNTPs和Taq酶存在時,就可以合成模板DNA的互補鏈,反應完成后,將反應混合物加熱使DNA雙鏈變性,溫度下降后,過量的引物又可以開始第二輪的合成反應。這種延伸-變性-退火-延伸的循環(huán)可以重復多次,使所需要的DNA片段得到特異性的擴增。PCR檢測試劑盒反應失敗的原因及解決方法如下:
一 、模板質(zhì)量問題:
1.模板提取不完整,其中不含你的目的基因,或目的基因含量太低。可以跑個電泳看看提取的DNA,PCR陽性樣品與陰性樣品是否有明顯差別。如果確定是這種問題,可以增加模板量試試,但不一定行得通。
2.模板里面殘留某種試劑成份,可能抑制Taq聚合酶的活性,如果是這種情況,可以用試劑盒把模板再純化一下,或將模板做個梯度稀釋以確定最佳的模板量。
3.為什么跑電泳會出現(xiàn)拖帶呢?
(1)有可能的因為你的電壓調(diào)的太高了。電泳跟很多因素有關,其中就有一個是電壓,在適當?shù)碾妷悍秶鷥?nèi)增加是可以加快遷移速率,但是要是超到一個臨界值反而有害。你可以適當?shù)恼{(diào)低點看看。
(2)有時候發(fā)現(xiàn)上樣量太多的話會有拖帶。你看能否回收之后 ,按1:50 或1:100 等稀釋后,再當成模板擴一次怎么樣。
二 、引物問題
1.樣品自身的基因型差異導致擴增失敗。也就是說你的引物與某些基因型的樣品結合的好,而和另一些基因型結合不好。可以換一對更保守的引物試試。祝順利!
2.普通PCR所用的一對引物中有一個引物加多了,為正常的三倍只要引物特異性比較好,那么不會產(chǎn)生大的影響。如果恰巧是加多的這條引物不是很特異的話,也許會擴出來非特異帶。
三、Taq酶處于失活狀態(tài)。因為活性降低了能出現(xiàn)二聚體。
四、模板濃度過低。
五、退火溫度過高。可以做個梯度PCR試一下。
六、循環(huán)次數(shù)過少或延伸時間過短以致目的基因擴增量不夠。這個可能性不大。
七、dNTP濃度低時PCR產(chǎn)率及特異性均增高,適合于用擴增摻入法標記生物素及放射性元素。當100μl PCR液中含dNTP各40μmol/L時就足以合成2.6μg的DNA(dNTP消耗一半),所以,你不小心多加了4倍的量,會很影響PCR結果,即Taq酶活力要降低20~30%,即底物抑制。
八、PCR產(chǎn)物電泳
1.電泳圖不清晰,可能電泳緩沖液和制膠緩沖液濃度不準或者臟了吧。換新的電泳緩沖液和制膠緩沖液試試。marker都出問題說明是膠的問題,或者電泳操作的問題。
2. PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。