冬瓜的貯藏方法比較簡便，可以在室內地面堆藏和室外大棚堆藏，也可在庫內架貯，窖洞內窖藏，甚至還可以掛藏。

  堆藏：在地面上先鋪一層細沙或麥稈、稻草，然后在上面堆瓜果，一般采用“品”字形堆放或2-3層平鋪堆放；也可使瓜柄朝上，一個挨一個地擺放一層。但不論采用哪種擺放形式，都要適當地留出走道，以便檢查。裝筐堆藏，筐不得裝得太滿，離筐口應留一個瓜的空隙，以利通風和避免擠壓，瓜筐堆放可采用騎馬式，以3-4個筐高為宜。

  貯藏前期，外界氣溫較高，要在晚上打開窗口通風換氣，白天關閉遮陰，避免日光直接照射。室內空氣要新鮮干燥，并保持涼爽。外界氣溫較低時，特別是到了嚴寒冬季，要關閉門窗，注意防寒。溫度應保持在0℃以上。適宜溫度為10℃左右，相對濕度70%-75%，貯藏期限可達2-3個月。

  架式貯藏：把冬瓜擺放在庫房的貯架上，下面鋪上一層草包，上面擺放冬瓜，擺放的方法是瓜蒂朝下，瓜臍向上。此種擺法散熱好，檢查方便。