根據(jù)土壤墑情施用。菌肥的最佳溫度是25℃~27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。同時還應(yīng)掌握固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕的土壤濕度最為適宜。

不能和其他農(nóng)藥混用。為防止活菌致死注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因?yàn)檫@些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混用，因?yàn)檗r(nóng)家肥在腐熟的過程中會發(fā)酵，這樣會直接殺死生物菌。

與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學(xué)物質(zhì)對菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。

因量制宜。對于多年來用化肥的田塊施用了生物菌肥不能大量減施化肥和有機(jī)肥，因農(nóng)作物對化肥產(chǎn)生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應(yīng)，因此，其取代理應(yīng)做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補(bǔ)足，不能減少。

因時制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養(yǎng)臨界期和大量吸收期前7~10天施用效果最佳。

不同種類的菌肥也不宜混用。目前，市場上的菌肥種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抵制作用還不是很清楚，若相互抵制，則會降低肥效。