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菠菜通常稱為雌雄異株植物。異花授粉作物，不同品種繁種隔離1000米，原種繁殖隔離2000米。
采種方法一是秋播老根采種法，即晚秋播種，四片真葉以上越冬，第二年采種；二是埋頭采種，即立冬前后播種，種子在土壤中越冬，第二年采種；三是當年直播采種法，即3月初播種，當年產(chǎn)種。以第一種采種法為主。
采收種子成熟易脫落，且株間成熟不一致，因此，當較晚結籽的植株開始變黃時，全部收獲，然后堆放一周，曬干脫粒，清選入庫保存。越冬種一般畝產(chǎn)種子200公斤左右。
