目前，有很多軟件可以解決分子生物學(xué)研究人員從立項到最后寫論文的實際問題。但由于軟件的數(shù)目太多，而且各個軟件開發(fā)環(huán)境、運行平臺和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的，這就給使用者造成了許多的不便。

　　 一、實驗準備階段 這時一般要查一些與實驗相關(guān)的文獻,以便對自己所要做的課題的最新的進展有一個基本的了解，從而確定自己的實驗策略。推薦使用軟件：Reference Manager 9.0 Reference Manager 9.0可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要�？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻可以格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換。

　　 同類軟件：
Endnote 3.1.2 也是一個在線專業(yè)資料查找系統(tǒng),可以保存查找資料,并在文章中對引用格式化.
　　
　　二、實驗實施階段 隨著實驗的進行，就必須對實驗過程中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)的信息進行各種處理，包括限制酶分析、引物設(shè)計、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。

1、綜合軟件 推薦軟件：Omiga 2.0 實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實現(xiàn)了核酸序列與其互補鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標準翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)。可從MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
　　同類軟件：
DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS 7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給我們驚喜。 DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。
DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標題。這樣就可以用自定義的標題識別序列，而不必通過它們的文件名。為避免丟失數(shù)據(jù)-和你的工作-DNATools包括幾個挽救丟失數(shù)據(jù)的功能：一個5層的撤銷/重復(fù)功能，重新獲得原始序列的恢復(fù)功能，項目中加入新文件時的安全備份功能，以及在一定的時間間隔作完全備份或備份你的工作。
2、限制酶切位點分析 這是分子生物學(xué)研究過程中最基本的操作，雖然可以通過文本編輯軟件來查找，但過程煩瑣（特別是序列長而分析的酶切位點多時）。通過專門的限制酶分析軟件，不但方便，不易出錯；而且輸出的格式多樣，滿足用戶的各種要求。推薦軟件：DNAssist 1.0 能進行限制酶分析的軟件很多，而我們建議使用DNAssist 1.0；原因是大多軟件只對線性序列進行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。DNAssist 1.0能很容易把這個EcoR I位點找出來。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）。
同類軟件：Primer Premier 5.0 見下。
DNAClub： DNA Club是一個簡單的對DNA進行與PCR有關(guān)的操作的軟件。它的功能有： 1、輸入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻譯成蛋白序列； 4、查找酶切位點； 5、查找PCR引物序列。 功能雖然都很簡單，但非常實用，一般的用戶都可以很方便地使用。
3、引物設(shè)計 優(yōu)秀的引物設(shè)計軟件能從模板序列中按用戶的要求挑選出一系列引物序列，同時把這些序列的所有特性（包括分子量、Tm值、二級結(jié)構(gòu)、上下有引物間的錯配、3’端的穩(wěn)定性及GC含量等等）分析出來。當然，這里的引物包括PCR引物、測序引物和探針。推薦軟件：Primer Premier 5.0 Primer Premier5.0是由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測序引物以及雜交探針的設(shè)計和評估的軟件，和Plasmid Premier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產(chǎn)品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設(shè)計窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。這里我們主要介紹其引物設(shè)計功能，顧名思義，該軟件就是用來進行引物設(shè)計的。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進行這些操作非常簡單。其功能絕不在Oligo 5.0之下！
同類軟件：DNAClub 見上。
4、序列的同源比較（Alignment）具有這一功能的軟件或軟件包很多，但功能全面，界面友好，同時輸出結(jié)果美觀實用的不多。推薦軟件: GeneDoc 3.2 GeneDoc能用用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報告為進化樹的格式。選擇項多，可以達到所需的要求。功能多又強，但要完全掌握，并不是很輕松的事。
同類軟件：
MACAW 2.05多序列構(gòu)建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個特點：1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。2. 應(yīng)用一個最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計算block類似性的統(tǒng)計學(xué)顯著性。3. 使用各種視圖工具，可以評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。4． 可以很容易地編輯每一個block。在多序列中查找一個類似片段并不是一件簡單的事，主要是因為要查找的量極大。這正式MACAW所要解決的問題。 Clustal X 用來對核酸與蛋白序列進行多序列比較（multiple sequence alignment）的軟件。多序列比較在分子生物學(xué)中是一個基本方法，用來發(fā)現(xiàn)特征序列，進行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測新序列二級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)，確定PCR引物，以及在分子 進化分析方面均有很大幫助，Clustal X很適合這些方面的要求。
5、質(zhì)粒繪圖 就象限制酶切位點分析一樣，也是最常用的功能。好的質(zhì)粒繪圖軟件首先能對對已知序列自動作圖；如果是未知序列，但根據(jù)用戶已知的質(zhì)粒信息也能繪出漂亮的圖譜來。推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0 Gene Construction Kit 2.0這一個非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細的使用幫助，認真研究后，應(yīng)該沒有問題。 同類軟件：Winplas 2.6該軟件用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強大，功能包括：位點標簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。 Plasmid Premier2.02是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動子，多克隆位點以及參考文獻等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進行未知質(zhì)粒的設(shè)計。
6、結(jié)構(gòu)域（motif）查找。 推薦軟件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的結(jié)構(gòu)域查找功能與它的引物設(shè)計一樣強，結(jié)果能以圖形、表格、序列三種方式輸出。同時還提供了一些未知的結(jié)構(gòu)域的列表；當然軟件本身也提供了大量的已知結(jié)構(gòu)域的序列。
7、RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 二級結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測的軟件很多，但絕大部分都只能在Mac和Unix下使用，在Windows平臺下的很少。 推薦軟件：RNAdraw 1.1b2 RNAdraw是一個進行RNA二級結(jié)構(gòu)計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multiple document interface) 軟件，允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。 3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。 同類軟件：RNAStructure 3.5 RNA Structure 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊以擴展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。
8、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析 推薦軟件：Antheprot 4.5 蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT 4.5是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強大。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。
9、三維結(jié)構(gòu)顯示 通過各種方法計算出來的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)，只要在三維結(jié)構(gòu)瀏覽軟件的幫助下，才能顯示出來；從而使用戶形象地看到生物大分子的三維立體結(jié)構(gòu)。推薦軟件：RasMol 2.7.1 RasMol 2.7是計算化學(xué)與分子圖形學(xué)以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個普通的科研工作人員，在自己的個人電腦上，就可以從Internet上的各種免費數(shù)據(jù)庫中，下載所需觀察與研究的分子坐標文件，進而通過RasMol 2.7以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學(xué)家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特點是界面簡單，基本操作簡單，運行非常迅速，對機器的要求較低，對小的有機分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。而且它程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。 同類軟件：Cn3D Cn3D是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結(jié)構(gòu)窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，能直接根據(jù)輸入的序列號從數(shù)據(jù)庫中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點是能夠?qū)�兩個蛋白放在一起直觀地進行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對準得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
10、格式轉(zhuǎn)換 各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難；格式轉(zhuǎn)換軟件能幫助用戶解決這一問題。推薦軟件：Seqverter 1.3 Seqverter 1.3使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多是其它軟件所無法比擬的。另外，它可在線升級以讀寫更多格式文件。 同類軟件：Visual Sequence Editor 1.1 1.可以同時顯示編輯多達200個核酸蛋白序列 2.將所有程序打包成一個庫文件 3.可以輸入輸出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接讀取MACAW的文件，并能將各序列中的同源順序標出 5.根據(jù)遺傳密碼（可以自定義）讀出一種或六種閱讀框 6.查看的字體大小，字母間隔等靈活可調(diào) 7.模糊查找特定序列。
11、電泳圖譜分析 推薦軟件：band leader 3.0 提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關(guān)數(shù)據(jù)的工具。它可以對電泳圖譜進行半定量分析，識別掃描得到的WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個難得的好軟件。
　　三、 實驗結(jié)果輸出階段
1、生成出版質(zhì)量的圖片 論文發(fā)表時，一般分子結(jié)構(gòu)圖的質(zhì)量要求較高，如果直接從RasMol等軟件中抓取圖片，往往都不夠精美。 推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1 Pov-Ray for Windows 3.1 相當于一種語言，它可以修改pov格式文件，用戶還可以自己設(shè)定光源、攝像機、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充；并根據(jù)光源、攝像機得到生物大分子的三維圖。分辨率最大可達1280*1024。
同類軟件：molmol 2.5.1該軟件能將pdb等格式的蛋白文件通過轉(zhuǎn)換，存成普通的圖形文件。
2、向數(shù)據(jù)庫遞交序列 推薦軟件：Sequin 2.90 Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列庫遞交序列�？梢圆挥米屑毧紤]各數(shù)據(jù)庫文件的具體格式，以問答填表格的形式，將需遞交的序列和相關(guān)資料填好�？梢栽诰�直接發(fā)送，也可以生成相應(yīng)格式文件，以e-mail形式發(fā)送。
Annhyb AnnHyb2.22是設(shè)計PCR引物和DNA探針的輔助軟件。主要功能有： 1.對寡核苷酸序列，計算溶解溫度(nearest-neighbour algorithm，可以設(shè)定鹽濃度和引物濃度), 序列長度、GC百分比,分子量, 摩爾消光系數(shù),IUB/IUPAC序列、反向序列、互補序列。 2.對50個bp以上的序列, 計算長度,GC百分比、不同鹽濃度下的溶解溫度 3.對長序列可以進行反向互補序列。 4.可以讀出序列
Cervus CERVUS 是一個根據(jù)共顯性資料來推測家系似然性的WINDOWS95程序，它可以用來計算等位基因發(fā)生概率，運行模擬系統(tǒng)來判定似然比率的臨界值和分析動植物種群中的家系。這種模擬系統(tǒng)還可能應(yīng)用于評估家系推測中所使用的系列單位點標記物的分辨能力。
Clonemap Clonemap是由CGC公司設(shè)計的用于輔助克隆設(shè)計的質(zhì)粒圖譜繪制軟件。該軟件除了能實現(xiàn)質(zhì)粒圖譜的繪制功能以外，還有其他一些輔助功能，如對序列進行翻轉(zhuǎn)，按六個閱讀框進行蛋白翻譯，尋找開讀框，搜索特定序列。 Dicroprot DICROPROT software for Windows Release 2.0 beta 是法國蛋白生化研究所蛋白構(gòu)象研究室Gilbert Deleage博士編制的用于觀察蛋白質(zhì)圓二色譜的軟件，是一個較為小巧、相對較為專業(yè)、操作簡單的研究輔助工具。
Digest DIGEST 能夠掃描DNA序列并查找限制性內(nèi)切酶位點.它支持使用者限定搜索特定的酶,如果此酶在限制性酶切酶庫文件WISCONSI.920中,它會列出酶切位置并對酶切片段按長度排序.它使用Don Gilbert的讀序模塊UREADSEQ,所以讀出大部分的序列文件格式。
DNAMend DNAmend是一名德國人編寫的用于對DNA序列進行分析，編輯的專業(yè)軟件，主要的用途是在基因克隆過程中，利用其提供的對DNA序列的限制性酶切分析，開讀框搜索，序列轉(zhuǎn)譯，末端修剪等功能對DNA序列進行酶切、連接、末端補平等模擬操作，為克隆流程設(shè)計及克隆過程監(jiān)視提供直觀的控制工具，便于對克隆中可能出現(xiàn)的問題進行分析，并可將結(jié)果輸出用于發(fā)表文章。
ISIS DRAW 非常非常棒的化學(xué)結(jié)構(gòu)式繪制軟件，能繪制各種復(fù)雜的化學(xué)分子（包括有機大分子）的平面及立體結(jié)構(gòu)，還能繪制復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng)方程式，是寫論文和考試試卷的常備工具。強烈推薦給有關(guān)生物化學(xué)研究及教學(xué)的工作人員。 MatInd 使用MatInd對一組DNA序列或一個核酸分布矩陣進行分析后，能夠產(chǎn)生描述轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的矩陣型來。這些矩陣型又可以被MatInspector用來掃描核甘酸序列并找到與之匹配的結(jié)合位點。
MatInspector 利用MatInd所生成的矩陣型對核甘酸序列進行掃描并使之與結(jié)合位點匹配。在輸出文件中包括匹配位置的核心序列、矩陣相似性、具體位置及序列等。
Molgen OLGEN軟件包可以根據(jù)分子式計算并估計其所有的異構(gòu)體，MOLGEN為科學(xué)和教育在闡明分子的結(jié)構(gòu)組成方面提供了有效方便而廉價的分析工具。MOLGEN結(jié)合MOLED和MOLVIEW兩個軟件，通過描述目的分子包含的亞結(jié)構(gòu)的限制，減少異構(gòu)體的數(shù)量，以便更快的獲得目的分子的空間的結(jié)構(gòu)的具體構(gòu)像；通過MOLVIEW可以計算分子的最穩(wěn)定合理的立體的結(jié)構(gòu)，并且通過旋轉(zhuǎn)可以從個個角度觀察分子的結(jié)構(gòu)情況，和每一個原子的空間的位置。
Mvsp MVSP是一個多變量統(tǒng)計分析軟件包。它能進行多種等級特征分析：１，主成分分析（PCA）, 2, 主坐標分析（PCO）, 對應(yīng)／對應(yīng)分離趨勢分析（CA/DCA）和典型對應(yīng)分析（CCA）等。 另外，它還可以通過使用20種不同的距離測量或相似測量及７種分族策略進行族分析。分析得到的多樣性指數(shù)就可以用于生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的計算，這些指數(shù)包括辛普森指數(shù)，香農(nóng)信息指數(shù)和Brillouin指數(shù)。目前這一版本是一個評估版（限時３０天，限次１５次），如果你想繼續(xù)使用就必須付錢買正式版，價格為$140。
PCMolecule PCMolecule 是觀察三維分子結(jié)構(gòu)的軟件，能夠觀察以.mcm格式保存的三維分子。
PCrare PC-Rare是應(yīng)用八聚體頻率出現(xiàn)的不一致性的方法（OFD）來設(shè)計PCR的引物，此程序簡單而有效。
Promsed ProMSED是一個在Windows 3.11/95下運行的簡單易用的程序，通過它能夠自動或手動進行蛋白質(zhì)多序列的比較和編輯。該程序能自動識別以下文件格式：NBRF/PIR、Pearson（Fasta）、EMBL/SwissProt、CLUSTAL和GCG/MSF等，同時它的界面及主要功能與通用的文本編輯語言相似。其中自動比較只對Clustal V 運算法則有效，當使用群體操作或用不同顏色表示不同性質(zhì)及功能氨基酸時，人工比較和序列可視分析就顯得更方便一些。隨著目前計算機內(nèi)存的日益擴大，程序中使用序列的大小及個數(shù)都沒有什么限制了。更可貴的是ProMSED能夠比較全部序列、全部序列中的任何子集和序列中選定的某一區(qū)域，并且提供一些用來進行序列分析、可視編輯及以圖像展示結(jié)果的工具。
Redsoft Plasmid Redasoft Plasmid 的設(shè)計是用來幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖，Redasoft Plasmid 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實驗并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊�？蛇x擇的圖形比例尺使幾個構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序。可以用e-mail的方式傳遞載體圖。
Simplot本軟件與Phylip95協(xié)同應(yīng)用, 它基于Don Gilbert's ReadSeq的編碼的形式能夠識別多種序列的格式。首先，將序列對齊，將它們以標準的格式保存，如FASTA/Pearson的格式。SimPlot同時可做26組的序列或26個單獨的序列，當然，可以只選擇感興趣的序列。 TreeView Tree View是用來生成與打印進化樹的軟件，它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進化樹格式文件，生成進化樹,并輸出到打印機。
10、格式轉(zhuǎn)換 各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難；格式轉(zhuǎn)換軟件能幫助用戶解決這一問題。推薦軟件：Seqverter 1.3
Seqverter 1.3使用簡單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多是其它軟件所無法比擬的。另外，它可在線升級以讀寫更多格式文件。

同類軟件：Visual Sequence Editor 1.1 1.可以同時顯示編輯多達200個核酸蛋白序列 2.將所有程序打包成一個庫文件 3.可以輸入輸出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接讀取MACAW的文件，并能將各序列中的同源順序標出 5.根據(jù)遺傳密碼（可以自定義）讀出一種或六種閱讀框 6.查看的字體大小，字母間隔等靈活可調(diào) 7.模糊查找特定序列。
11、電泳圖譜分析 推薦軟件：band leader 3.0
提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關(guān)數(shù)據(jù)的工具。它可以對電泳圖譜進行半定量分析，識別掃描得到的WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個難得的好軟件。