蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(SCOP)數(shù)據(jù)庫詳細描述了已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的關(guān)系。分類基于若干層次:家族,描述相近的進化關(guān)系;超家族,描述遠源的進化關(guān)系;折疊子(fold),描述空間幾何結(jié)構(gòu)的關(guān)系;折疊類,所有折疊子被歸于全α、全β、α/β、α+β和多結(jié)構(gòu)域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗余的ASTRAIL序列庫,這個庫通常被用來評估各種序列比對算法。此外,SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫,通過與這個庫中序列的兩兩比對,可以找到與未知結(jié)構(gòu)序列遠緣的已知結(jié)構(gòu)序列。