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來自土壤中的微生物：主要通過病人和患病動物的排泄物、尸體、或通過廢物、污水使土壤污染。土壤本身也含有能長期生存的微生物。
來自空氣中的微生物：主要來自地面，有的直接來自人和動物的呼吸道。
來自水中的微生物：主要是由土壤中的微生物隨雨水流入水中，人畜排泄物和污水廢物流入水中。
來自人及動植物的微生物：健康的人體和動物的消化道和上呼吸道均有一定種類的微生物存在。周圍環(huán)境污染人和動植物造成危害。
通過水污染：水中如有大量微生物存在說明水已被有機物污染，如用這種水處理食品，就會污染食品，水質(zhì)不合格的原因有：水源本身不合格、管道之間交叉污染、管道污染等。
通過空氣污染：空氣中的微生物，隨著灰塵的飛揚或沉降將微生物附著在食品上。此外人體帶有微生物的痰沫、鼻涕與唾液的小水滴在講話、咳嗽或在打噴嚏時，可直接或間接的污染食品。
通過人及動物而污染：人接觸食品時，人體作為媒介，將微生物污染食品，特別是手造成的食品污染最為常見。直接接觸食品的從業(yè)人員，他們的工作衣帽，不經(jīng)常清洗，消毒，不保持清潔，就會有大量的微生物附著，從而造成食品污染；車間內(nèi)有蒼蠅等飛蟲或老鼠活動，也會通過污染食品接觸面、空氣或直接接觸食品而造成污染。
通過用具（設(shè)備、工器具、容器）及雜物（含原料、廢料、包裝物料等）污染：應(yīng)用于食品的一切用具，都有可能作為媒介將微生物污染食品，表面不光滑的用具污染程度更加嚴(yán)重。特別是裝運食品的工具或用具，在用后未經(jīng)徹底清洗消毒，而連續(xù)使用，就會造成微生物的殘存，從而污染以后裝運的食品。
控制食品微生物超標(biāo)的三原則
預(yù)防——不接觸細菌
控制——抑制細菌的繁殖
殺滅——殺菌、消毒
加強環(huán)境衛(wèi)生管理：
1 垃圾、下角料、廢棄物進行無害化處理，遠離生產(chǎn)場所存放并保持清潔
2 糞便進行無害化處理，保持周圍衛(wèi)生
3 污水進行無害化處理，并合理排放
4 做好廠區(qū)及周圍滅鼠、滅蠅蟲工作
5 做好車間、倉庫的防鼠、防蠅蟲工作
加強食品衛(wèi)生的管理：
1 食品運輸和貯藏的衛(wèi)生管理：使用前進行徹底清洗、消毒要防塵，防熱，防腐處理。
2 生產(chǎn)車間布局合理，無交叉污染。
3 生產(chǎn)衛(wèi)生：建立良好規(guī)范的衛(wèi)生規(guī)范，確保生產(chǎn)環(huán)境（空氣、設(shè)備設(shè)施、工器具等）衛(wèi)生，人員操作符合衛(wèi)生要求。
個人衛(wèi)生：養(yǎng)成良好的衛(wèi)生習(xí)慣，工作服帽整潔干凈，定期進行健康檢查。
4 生產(chǎn)用水衛(wèi)生：定期檢查水質(zhì)，不合格的水源應(yīng)定期進行凈化，消毒處理。作好水源的防護，確保水質(zhì)安全衛(wèi)生。
5 原輔材料、包裝物料衛(wèi)生：采用合格的原輔材料、包裝物料，并確保在運輸、存放、使用時不存在劣變和交叉污染。
1 用水分活度、pH、化學(xué)物質(zhì)及包裝控制
1 控制pH（酸度）
2 控制水分活度（含水量，干燥，高鹽，高糖）
0.85以上，高水分食品，需冷藏或采取其它措施保存
0.6-0.85,中等水分食品，不需冷藏，但貨架期短
0.6以下，低水分食品，不需冷藏，有較長貨架期
3 化學(xué)抑制劑（防腐劑，鹽，糖），必須符合國家規(guī)定，并標(biāo)注清楚
4 控制包裝（真空包裝，充氣包裝）
2 通過冷藏和冷凍（溫度）控制
溫度為5到46℃是致病菌生長的危險范圍
1 冷藏庫
2 時間/溫度的合理控制（低溫，短時）
3 冷凍控制
4 烹調(diào)后迅速冷卻：在很短時間內(nèi)將溫度從60℃降至21℃
5 烹調(diào)后保溫存放：保持60℃以上
1 熱處理（烹調(diào)或殺菌）
方式：煮 、蒸、炸、烤、炒、高溫高壓殺菌、管式熱交換器、刮板式熱交換器
影響致死率的因素
食物（器具）的導(dǎo)熱性
食物（器具）的特性
微生物的種類(芽胞或營養(yǎng)細胞)
微生物細胞的耐熱性
2 化學(xué)消毒殺菌劑
1 消毒劑：用于殺滅微生物使其達到消毒要求的制劑。
2 有效成分：是指消毒劑中具有殺滅微生物作用的活性成分，其含量常用質(zhì)量濃度（mg/L）、質(zhì)量分?jǐn)?shù)（%、ppm）或體積分?jǐn)?shù)（%、ppm）表示。
3 消毒劑消毒滅菌的特點：
費用低
應(yīng)用廣泛：可用于病人/畜排泄物與分泌物、皮膚、粘膜、飲水、廁所、空氣、手、食品接觸面等的消毒。
4 有機物：
酚：石炭酸。
甲酚：煤酚皂液（來蘇爾）就是甲酚與肥皂的混合液，常用3-5%的溶液來消毒皮膚、桌面及用具等。
甲醛：福爾馬林溶液就是37-40%的甲醛水溶液
醇：它是脫水劑、蛋白質(zhì)變性劑，也是脂溶劑，可使蛋白質(zhì)脫水、變性，損害細胞膜而具殺菌能力。乙醇（酒精）是普遍使用的消毒劑，50-70%的乙醇便可殺死營養(yǎng)細胞；75%的乙醇殺菌效果最好，超過80%以至無水酒精效果較差。（一般72-78%）
5 鹵族元素及其化合物：
碘：是強殺菌劑。3-7%碘溶于70-83%的乙醇中配制成碘酊，是皮膚及小傷口有效的消毒劑。碘一般都作外用藥。
氯氣或氯化物：這是一類最廣泛應(yīng)用的消毒劑。氯氣一般用于飲水的消毒，次氯酸鹽等常用作食品加工過程中的消毒。氯氣和氯化物的殺菌機制，是氯與水結(jié)合產(chǎn)生了次氯酸(HClO)，次氯酸易分解產(chǎn)生新生態(tài)氧，這是一種強氧化劑，對微生物起破壞用。
輻照
高強度脈沖光
高強度脈沖電子場
紫外線
高壓加工
歐姆加熱
臭氧
滅菌：用物理或化學(xué)方法殺滅物體上所有的微生物（包括病原微生物和非病原微生物及細菌芽胞、霉菌孢子等），稱為滅菌。
消毒：用物理或化學(xué)方法僅能殺滅物體上的病原微生物，而對非病原微生物及芽胞和孢子不一定完全殺死，稱為消毒。用來消毒的藥物稱為消毒劑。
防腐：防止或抑制微生物生長和繁殖的方法稱為防腐或抑菌。用于防腐的化學(xué)藥品稱為防腐劑。某些化學(xué)藥物在低濃度時為防腐劑，在高濃度時則成為消毒劑。
無菌：指沒有活的微生物存在。采取防止或杜絕一切微生物進入動物機體或物體的方法，稱為無菌法。以無菌法操作時稱為無菌操作。在進行外科手術(shù)或微生物學(xué)實驗時，要求嚴(yán)格的無菌操作，防止微生物的污染。
1 產(chǎn)品被霉菌或者酵母菌污染時，產(chǎn)品的質(zhì)量就會劣變，銷路會受到影響，顧客也會投訴甚至要求賠償。
2 對容易發(fā)霉的原料要進行妥善的放置，使用前要仔細清洗。
3 為了控制發(fā)霉現(xiàn)象要對工廠進行細致的衛(wèi)生管理。
4 盡量在低溫下對食品進行保存，這樣有助于防止發(fā)霉現(xiàn)象和酵母菌問題的擴大化。
菌落總數(shù)
大腸菌群
大腸桿菌
金黃色葡萄球菌
沙門氏菌
菌落總數(shù)用來判定食品被細菌污染的程度及衛(wèi)生質(zhì)量，它反映食品在生產(chǎn)過程中是否符合衛(wèi)生要求，以便對被檢樣品做出適當(dāng)?shù)男l(wèi)生學(xué)評價。菌落總數(shù)的多少在一定程度上標(biāo)志著食品衛(wèi)生質(zhì)量的優(yōu)劣。
菌落是指細菌在固體培養(yǎng)基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數(shù)以萬計相同的細菌集合而成。當(dāng)樣品被稀釋到一定程度，與培養(yǎng)基混合，在一定培養(yǎng)條件下，每個能夠生長繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。
菌落總數(shù)就是指在一定條件下（如需氧情況、營養(yǎng)條件、pH、培養(yǎng)溫度和時間等）每克（每毫升）檢樣所生長出來的細菌菌落總數(shù)。有時稱為雜菌數(shù)，需氧菌數(shù)等。
大腸菌群是作為糞便污染指標(biāo)菌提出來的，主要是以該菌群的檢出情況來表示食品中有否糞便污染。
大腸菌群數(shù)的高低，表明了糞便污染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小。糞便是人類及動物的腸道排泄物，其中有健康者的糞便，也有腸道患者或帶菌者的糞便，所以糞便內(nèi)除一般正常細菌外，同時也會有一些腸道致病菌存在（如沙門氏菌、志賀氏菌等），因而食品中有糞便污染，則可以推測該食品中存在著腸道致病菌污染的可能性，潛伏著食物中毒和流行病的威脅，必須看作對人體健康具有潛在的危險性。
大腸菌群并非細菌學(xué)分類命名，而是衛(wèi)生細菌領(lǐng)域的用語，它不代表某一個或某一屬細菌，而指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關(guān)的細菌，這些細菌在生化及血清學(xué)方面并非完全一致，其定義為：需氧及兼性厭氧、在37℃能分解乳糖產(chǎn)酸產(chǎn)氣的革蘭氏陰性無芽胞桿菌。一般認(rèn)為該菌群細菌可包括大腸埃希氏菌、檸檬酸桿菌、產(chǎn)氣克雷白氏菌和陰溝腸桿菌等。
大腸菌群分布較廣，在溫血動物糞便和自然界廣泛存在。調(diào)查研究表明，大腸菌群細菌多存在于溫血動物糞便、人類、動物經(jīng)�；顒拥膱鏊约坝屑S便污染的地方，人、畜糞便對外界環(huán)境的污染是大腸菌群在自然界存在的主要原因。糞便中多以典型大腸桿菌為主，而外界環(huán)境中則以大腸菌群其他型別較多。
大腸桿菌：為革蘭氏陰性兩短鈍圓的短桿菌，周身有鞭毛能運動，周身還有菌毛，無芽孢，生長溫度為10-50℃之間，適生長溫度為40℃。
大腸桿菌是人畜共患腸道致病菌，患病原性大腸桿菌食物中毒的病人的糞便中可存在大量的大腸桿菌，是散布病毒的主要來源，在健康的人群和牲畜的腸道內(nèi)也可發(fā)現(xiàn)有帶菌者。大腸桿菌引起的食物中毒的主要癥狀是急性腸胃炎，主要表現(xiàn)為嘔吐、腹瀉、大便呈水樣便，重癥有血便。
金黃色葡萄球菌：為革蘭氏陽性球菌，呈葡萄狀排列。無芽孢，無鞭毛，不能運動。
在自然界中分布廣泛，正常人和動物的體表粘膜、空氣、土壤、水、飼料、食品中均有存在，創(chuàng)傷后的皮膚、粘膜帶大量的本菌。生長溫度范圍在6.6-47℃之間，最適生長溫度為35-37℃。加熱60℃經(jīng)30分鐘即可殺滅，在冷凍貯藏環(huán)境中不易死亡。
金黃色葡萄球菌可通過，患局部化膿性感染（如疥瘡、手指化膿等）、上呼吸道感染（如鼻竇炎、化膿性肺炎、口腔疾病等）的人員或帶菌者在他們接觸食品時而使食品污染。
感染中毒后的主要癥狀為急性腸胃炎癥狀，如惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛。
金黃色葡萄球菌是人類化膿感染中最常見的病原菌，可引起局部化膿感染，也可引起肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血癥、膿毒癥等全身感染。
沙門氏菌：沙門氏菌屬腸桿菌屬，包括2000多個血清型，廣泛存在于豬、牛、羊鼠類的腸道內(nèi)臟中，是最普遍、最重要的腸道致病菌。其中雞的帶菌率為2.3-6.8%，豬的為10.7-34.8%，雞蛋帶菌率高達30%。沙門氏菌的適宜生長溫度為37℃，在18-20℃也能繁殖。沙門氏菌對熱抵抗力差，在60℃經(jīng)20-30分鐘可被殺滅，低溫冷藏也可減少本菌的數(shù)量。在肉類中可存活幾個月，在自然環(huán)境的糞便中可存活1-2個月。中毒屬感染性食物中毒，為急性腸胃炎癥狀，如嘔吐、腹痛、腹瀉。
本菌主要來自患病的人和動物，及人和動物的帶菌者，使人類致病的沙門氏菌常存在于病人及帶菌者的腸道、血液、糞、尿、膽囊中。據(jù)報道有些地區(qū)的鼠類帶菌率有2-4%，主要菌種以鼠傷寒沙門氏菌和腸炎沙門氏菌占多數(shù)，鼠尿和糞中排出的病菌可直接或間接污染食品。家禽類如雞、鴨、鵝對雞沙門氏菌和雛白痢沙門氏菌特別容易感染，因而這類家禽有較高的帶菌率。健康雞的糞便中帶菌率為2.3%，已被沙門氏菌污染的食品或物品可通過手、蒼蠅、鼠類或其它物品為媒介污染。所以，有些食品被沙門氏菌污染，常與鼠類接觸有關(guān)。
